南京醫(yī)科大學(xué)第二附屬醫(yī)院消化醫(yī)學(xué)中心是國(guó)家衛(wèi)健委消化內(nèi)鏡診療技術(shù)培訓(xùn)基地（首批）、江蘇省“十三五”、“十四五”期間醫(yī)學(xué)重點(diǎn)學(xué)科、中國(guó)醫(yī)師協(xié)會(huì)高級(jí)消化內(nèi)鏡醫(yī)師培訓(xùn)基地，江蘇省臨床重點(diǎn)專(zhuān)科、南京醫(yī)科大學(xué)整合腸病重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、南京醫(yī)科大學(xué)博士、碩士研究生培養(yǎng)基地、博士后科研流動(dòng)站，同時(shí)也是中華醫(yī)學(xué)會(huì)消化內(nèi)鏡分會(huì)全國(guó)委員和江蘇省醫(yī)學(xué)會(huì)消化內(nèi)鏡分會(huì)主任委員單位。該中心下設(shè)消化科病房（162張床位）、消化內(nèi)鏡中心（3000平方米）、微生態(tài)醫(yī)學(xué)科（1300平方米）、消化病實(shí)驗(yàn)室，近年來(lái)承擔(dān)國(guó)家級(jí)及省部級(jí)課題40余項(xiàng)，獎(jiǎng)項(xiàng)10余項(xiàng)。消化內(nèi)鏡診療尤其消化道重建術(shù)后復(fù)雜ERCP治療和復(fù)雜腸病糞菌移植治療為該科特色，在全國(guó)有較大影響。