南京醫(yī)科大學第二附屬醫(yī)院全科醫(yī)學科成立于2006年7月，2007年4月被評審批準為首批衛(wèi)生部全科醫(yī)師培養(yǎng)基地，2008年被認定為“江蘇省第一批全科醫(yī)師規(guī)范化培訓基地”。2014年正式設立全科醫(yī)療病房，目前開放床位24張。開設全科醫(yī)學門診（專科、專家、專病）和全科病房提供綜合性、協(xié)調(diào)性的診療，慢性病管理和健康教育。患者病種分為三類：⑴未分化疾病，即暫時沒有專科歸屬的全身性疾患；⑵心身疾病，表現(xiàn)為沒有明確疾病診斷的各種軀體不適感；⑶多種疾病并存的患者，如高血壓、糖尿病、高脂血癥、高尿酸血癥“四高”患者，以及肌少癥、骨質(zhì)疏松慢性病患者。牽頭承擔江蘇省基層醫(yī)療專業(yè)質(zhì)控工作，提高江蘇省基層醫(yī)療機構醫(yī)療質(zhì)量。

承擔全科醫(yī)學教學和培訓任務,落實臨床醫(yī)學五年制本科生《全科醫(yī)學概論》授課和全科（助理全科）住院醫(yī)師規(guī)范化培訓學員以及全科轉崗學員的培訓，其中《全科醫(yī)學概論》入選江蘇省首批省級一流本科課程。2013年起成為全省第一批招收全科醫(yī)學專業(yè)學位研究生的碩士點，2023年起成為全省第一批招收全科醫(yī)學專業(yè)學位研究生的博士點。依托南京醫(yī)科大學，實行“全科醫(yī)生規(guī)范化培訓”與“全科醫(yī)學研究生培養(yǎng)”雙向接軌，全科醫(yī)學規(guī)范化培訓學員經(jīng)三年規(guī)范化培訓后可直接申請全科醫(yī)學專業(yè)碩士研究生學位。